人體腸道內(nèi)生活著多達(dá)1000多種共生微生物，這些微生物遺傳信息的總和就稱為“微生物組”。近年來，微生物組研究受到了人們的極大重視，甚被稱為是人體的“第二基因組”。

現(xiàn)在，越來越多的研究將人體腸道菌群與疾病關(guān)聯(lián)起來，例如自閉癥、癌癥和糖尿病等。研究界的這種熱情也感染了公眾，紐約時報曾以頭條宣告“We Are Our Bacteria”。

有研究者認(rèn)為，抗生素的使用會嚴(yán)重破壞微生物組，進(jìn)而對人體健康產(chǎn)生可怕的影響。也有公司開始為個人提供微生物組的分析和解讀。此外，糞便移植也被提出用于治療糖尿病、阿爾茨海默癥等疾病。

回顧之前的種種“組學(xué)”熱我們可以看到，技術(shù)進(jìn)步賦予了人們分析基因組、蛋白質(zhì)組、代謝組的能力，于是便有大量研究將這些分子的狀態(tài)與人體健康起來。然而，這些研究的后續(xù)工作往往后繼無力，情況反而越來越復(fù)雜。因此，在微生物組紅得發(fā)紫的今天，多一點(diǎn)懷疑和批判精神是很有必要的。（延伸閱讀：Science重要發(fā)現(xiàn)：癌癥與微生物組）

對微生物組熱潮進(jìn)行了反思。文章指出，在接受一項新結(jié)論之前，我們應(yīng)該先提出五個問題：

研究有沒有檢測到有意義的差異？微生物組圖譜主要依賴16S rRNA分析，能提供門、屬、種的信息，但這種分類還不夠細(xì)。舉例來說，有研究鑒定了與糖尿病有關(guān)的微生物組，是細(xì)菌不同門之間呈特定比例，這未免太過于寬泛。這相當(dāng)于是認(rèn)為100只鳥和25只蝸牛組成的鳥舍等同于有8條魚和2只烏賊的水箱，只因?yàn)轼B舍和水箱里的脊椎動物和軟體動物之比都是4:1。另外，就算是同一個屬的微生物，所含基因也往往大相徑庭。

如今的技術(shù)其實(shí)可以做到更細(xì)致的分類，我們可以通過破譯“代謝網(wǎng)絡(luò)”來理解微生物組進(jìn)行的生化反應(yīng)，并在此基礎(chǔ)上鑒定對健康有影響的基因組合。不過這就要求研究者對整個網(wǎng)絡(luò)有一個透徹的了解。

研究是否明確了因果關(guān)系？在鑒定疾病相關(guān)微生物組時，我們需要確定這種關(guān)系到底是不是因果關(guān)系，因?yàn)檫@種特別的微生物組有時可能只是個副產(chǎn)物。

一項研究發(fā)現(xiàn)，住在養(yǎng)老院里的老人微生物組與住在社區(qū)里的老人不同，而且這種差異與體質(zhì)強(qiáng)弱。作者在考慮了多種因素后指出，飲食能夠改變微生物組進(jìn)而影響健康狀況。這種結(jié)論的確與數(shù)據(jù)相符，但研究者卻沒能反向證明這樣的因果關(guān)系。因?yàn)榭赡苡绊懳⑸锝M的因素很多，比如免疫系統(tǒng)比較不活躍，消化能力較弱等等。